Στα χρόνια της Συμμαχίας της Δήλου οι Μυκονιάτες πλήρωναν φόρο στους Αθηναίους γεγονός που μαρτυρεί την κακή οικονομική κατάσταση που βρισκόντουσαν η οποία επιδεινώθηκε ακόμα περισσότερο όταν περιήλθαν στους Σπαρτιάτες.

Κατά τους Μακεδονικούς,Ελληνιστικούς και Ρωμαϊκούς χρόνους ακολουθεί την τύχη των άλλων Κυκλάδων. Στα Βυζαντινά χρόνια ανήκε στο Θέμα του Αιγαίου ενώ την εποχή της Φραγκοκρατίας περιήλθε στα χέρια των αδερφών Γκίζη και αργότερα παραχωρήθηκε στην Βενετία μέχρι που την κατέλαβε ο Βαρβαρόσσα.

Πολλοί κάτοικοι εξανδραποδήστηκαν και άλλοι κατέφυγαν στην Τήνο. Κατά την διάρκεια της Τουρκοκρατίας ανήκει στον Καπουδάν πασά που επιβάλλει στους κατοίκους βαριά φορολογία. Έτσι πολλοί από τους κατοίκους μετέρχονται στην πειρατεία. Η κύρηξη της επαναστάσεως βρίσκει την Μύκονο με αξιόλογο στόλο και γυμνασμένα πληρώματα που συντέλεσαν στην απελευθέρωση.

Το στόλο οργάνωσε και χρηματοδότησε η Μαντώ Μαυρογένους, η οποία τιμήθηκε από τους κατοίκους με προτομή στην μικρή πλατεία της παραλίας.